സിസ്റ്റര് അഭയക്കേസിലെ തെളിവുകള് നശിപ്പിക്കപ്പെട്ട സംഭവത്തില് മുന് അന്വേഷണ ഉദ്യോഗസ്ഥനെ പ്രതിചേര്ത്തു. ക്രൈം ബ്രാഞ്ച് മുന് എസ്.പി കെ.ടി മൈക്കിളിനെയാണ് നാലാം പ്രതിയായിക്കിയത്. തിരുവനന്തപുരം സിബിഐ കോടതിയുടേതാണ് ഉത്തരവ്. തെളിവുനശിപ്പിക്കല്, ഗൂഢാലോചന എന്നീ കുറ്റങ്ങങ്ങളാണ് മൈക്കിളിനുമേല് ചുമത്തിയിരിക്കുന്നത്. പൊതുപ്രവര്ത്തകന് ജോമോന് പുത്തന്പുരയ്ക്കല് നല്കിയ ഹര്ജിയിലാണ് കോടതിനടപടി.
ഫാദര് തോമസ് കോട്ടൂര്, ഫാദര് ജോസ് പുതൃകയില്, സിസ്റ്റര് സ്റ്റെഫി എന്നിവരാണ് കേസിലെ ആദ്യ മൂന്നു പ്രതികള്. 1992 മാര്ച്ച് 27നാണ് ദുരൂഹ സാഹചര്യത്തില് കോട്ടയത്തെ പയസ് ടെന്ത് കോണ്വെന്റിലെ കിണറ്റില് സിസ്റ്റര് അഭയയെ മരിച്ച നിലയില് കണ്ടെത്തിയത്.സംഭവത്തില് ആദ്യം ലോക്കല് പോലീസാണ് അന്വേഷണം നടത്തിയത്. തുടര്ന്ന് കേസ് ക്രൈംബ്രാഞ്ചിന് കേസ് കൈമാറി. കെ.ടി.മൈക്കിളിനായിരുന്നു അന്വേഷണത്തിന്റെ മേല്നോട്ടച്ചുമതല. സിസ്റ്റര് അഭയയുടേത് ആത്മഹത്യയാണെന്ന റിപ്പോര്ട്ടാണ് മൈക്കിള് സമര്പ്പിച്ചത്. പിന്നീട് 1993 മാര്ച്ച് 29ന് സിബിഐ കേസ് ഏറ്റെടുക്കുകയായിരുന്നു.